Sự chiến thắng của Link trước Calamity Ganon trong Breath of the Wild đã cho phép các cư dân của vương quốc Hyrule đã có thể bắt đầu xây dựng lại vương quốc. Vài năm sau Ganon bị đánh bại, một căn bệnh không xác định đã bị rò rỉ ra từ bên dưới Lâu đài Hyrule, Link và Công chúa Zelda bắt đầu điều tra căn hầm bên dưới lâu đài của vương quốc. Nằm bên dưới lâu đài, Link và Zelda đã tìm thấy được tàn tích của Zonai, một nơi đã kể về một câu chuyện liên quan đến một trận chiến vĩ đại và cả hai người đã chứng kiến được sự thức tỉnh của một xác ướp. Sức mạnh của xác ướp kia đã phá hỏng cánh tay phải của Link đồng thời cũng phá hủy thanh kiếm Master Sword. Lâu đài Hyrule sau đó đã ngay lập tức bị dịch chuyển lơ lửng trên bầu trời. Cả hai người đều đã rơi xuống đất; Zelda đã biến mất cùng với một cổ vật bí ẩn, trong khi Link thì đã được cứu sống bởi một cánh tay đang giữ chặt cái xác ướp. Link sau đó đã thức dậy ở Sky Islands với thanh Master Sword đã vỡ tan và đã gặp linh hồn của Rauru, một người đến từ nền văn minh Zonai, người đã trao cho Link một cánh tay phải của mình để thay thế cho cánh tay phải bị hỏng trước kia. Rauru hứa sẽ cố gắng hỗ trợ cho Link tìm lại đươc Zelda sau một cánh cửa trong Ngôi đền Thời gian và Link cũng đã nhận được hình ảnh chỉ để chứng kiến cảnh Zelda lấy thanh kiếm Master Sword.

Link lập tức quay trở lại Hyrule, biết rằng các sự kiện trước đó chính là một phần của "Upheaval", một sự kiện đã từng gây ra sự hỗn loạn cho Hyrule. Link nhanh chóng nhận được sự hỗ trợ của Purah để có thể tìm được Zelda, sau đó họ đã đi điều tra và tìm lại các báo cáo bí ẩn trên toàn bộ Hyrule. Trong quá trình này, Link phải đánh bại bốn con quái vật đang chiếm giữ các ngôi đền Zonai cổ với sự trợ giúp từ bốn người quen. Tại sa mạc Gerudo, Link đã hỗ trợ cho thủ lĩnh Riju để ngăn chặn những cơn bão cát thất thường và tiêu diệt được Gibdos. Tại sông Zora, Link và Sidon đã cùng hợp tác với nhau để ngăn chặn những đống bùn đang cố gắng lây lan chất độc cho dòng nước. Tại Làng Rito, Link đã bắt gặp Tulin và cả hai đã cùng nhau tiêu diệt được nguồn gốc của cơn bão tuyết đã âm ỉ đe dọa Rito. Tại Làng Goron, Link đã tìm thấy một con Yunobo đã bị tẩy não; sau khi suy luận ra được Yunobo, cả hai đã cùng chiến đấu với một con quái vật phát sinh ra từ ngọn Núi Tử thần. Với mỗi con quái vật bị đánh bại, Link lại có thể tìm thấy những Viên đá bí mật, những món đồ tạo tác từ thời Zonai giúp gia tăng sức mạnh bẩm sinh cho người sử dụng chúng. Các biến thể linh hồn từ những Sage cổ đại đã xuất hiện trước Link và những người bạn đồng hành của cậu, bổ nhiệm cho những người bạn đồng hành của Link thành những Sage mới và truyền lại những Viên đá đó. Sau khi xử lý đi những lũ quái vật, Link đã theo dõi Zelda đến Lâu đài Hyrule. Tại lâu đài, "Zelda" đã tiết lộ mình chính là kẻ mạo danh đã từng phục vụ cho Ganondorf trước khi bị Link và đồng đội của cậu đánh bại. Link sau đó đã gặp Mineru, một Sage cổ đại có thể sử dụng được phép chiếu tâm linh để ở lại trong thế giới vật chất, và cung cấp cho cô một cơ thể máy móc được cấu tạo hoàn toàn bằng nhân tạo.

Thông qua Mineru, các linh hồn của các Sage và một số giọt nước mắt của rồng đã nằm rải rác khắp Hyrule, Link đã biết được số phận của Zelda. Được tiết lộ rằng cách đây rất lâu, trong Cuộc chiến tranh giam cầm, Rauru, vị vua đầu tiên của Hyrule, đã lãnh đạo cùng với các Sage nhằm chống lại Quỷ vương Ganondorf, nhưng đã bị áp đảo hoàn toàn về sức mạnh, buộc Rauru phải hy sinh chính mình để phong ấn cho Ganondorf. Zelda, người đã từng được đưa về quá khứ với cổ vật bí ẩn đã từng biến mất cùng với Zelda chính là Viên đá Bí mật, và cô đã được dịch chuyển xuyên thời gian về quá khứ xa xôi. Tại đó, cô đã gặp Rauru, người mà đã được tiết lộ là vị vua đầu tiên của Hyrule và cô đã giao nhiệm vụ cho các Sage, cầu xin họ hãy cố gắng giúp đỡ Link, và yêu cầu họ nên biến thành rồng để có thể khôi phục lại thế giới Master Sword.

Ở hiện tại, Link đã nhanh chóng lấy được thanh kiếm Master Sword từ dạng rồng của Zelda và đi đến Lâu đài Hyrule. Tại đó, Link đã bị rơi vào bẫy của Ganondorf. Nằm bên dưới của lâu đài, Link đang cố gắng chiến đấu với quân đội của Ganondorf trước khi phải tự mình chiến đấu với quỷ vương, nhận thấy mình sắp bị đánh bại, Ganondorf đã biến mình thành một con rồng quỷ nhằm đánh bại lại Link. Zelda đang ở trong dạng rồng đã ra sức hỗ trợ Link tiêu diệt Ganondorf. Zelda sau đó đã lấy lại được hình dáng thật của mình và cả hai đều cùng rơi xuống bề mặt của Hyrule.

Sau một khoảng thời gian, trên Sky Island nơi Link đã thức tỉnh, Mineru đã nói lời tạm biệt cho cả hai người (Khi Link đã lấy lại được cánh tay phải của mình), trước khi linh hồn của cô chuẩn bị phân tán trong khi những người kế vị của Sage đã thề sẽ bảo vệ cho Hyrule.